Die Ursachen für Aphthen sind bisher unklar
Über die Ursachen von Aphthen gibt es keine genauen Angaben. Auf jeden Fall sind oft Erreger wie Viren, Bakterien und Pilze (Candida etc.) bei den Betroffenen nachweisbar. Häufig werden auch Spuren von Herpes-ähnlichen Viren, den Coxsackieviren oder Herpesviren selber gefunden.
Auch Nahrungsmittelunverträglichkeiten, Metalle im Mund, elektrische Ströme zwischen verschiedenen Metallen, Dosenobst etc. wurden schon als Auslöser von Aphthen genannt.
Da auch die Mundschleimhäute zu den Darmschleimhäuten gehören, kann davon ausgegangen werden, dass es sich um eine Abwehrschwäche des Darm-assoziierten Immunsystems handelt.